강의 및 공부18 [단일세포] scATAC-seq 10X cellranger-arc 원리 single cell multiome 10X library 및 cellranger-arc 원리에 대해 공부중이다. 추가로 공부하는 내용이 있다면 계속 추가할 예정이다. 1. 멀티옴 ATAC 라이브러리 구성 - P5, P7: Illumina amplification을 위한 서열 - 10X barcode: 세포를 구분하기 위한 cell barcode - Spacer: ATAC oligo barcode(바코드)로, transposed DNA fragments가 결합(attachment)할 수 있는 바코드 (길이 8bp) 2. ATAC matrix 가공 과정 multiome FASTQ를 가공하여 peak-barcode 매트릭스를 만들기 위해서는 cellranger-arc count 코드 한 줄만 입력하면 되지만.. 2024. 2. 20. rt-PCR을 이용한 신속검출 실험레포트 1. Title rt-PCR을 이용한 할랄식품에서 haram 성분의 신속검출 2. Abstract Real-time PCR(rt-PCR)은 증폭되는 유전자의 양을 실시간으로 검출하여 정량분석을 하는 실험법이다. 증폭 산물을 처음으로 검출할 수 있는 threshold를 넘는 지점의 cycle 수인 Ct 값을 토대로 결과를 확인할 수 있다. Real-time PCR에는 SYBR Green 형광 삽입체를 넣어 형광물질을 정량 하는 intercalator method와 형광물질과 소광물질을 가지고 있는 probe를 삽입하는 probe method가 있다. 소고기와 닭고기는 전세계 인구의 25%를 차지하고 있는 무슬림이 먹고 쓸 수 있는 제품인 할랄식품이며, 돼지고기는 무슬림에서 금지된 제품인 하람이 포함된다. .. 2022. 2. 6. PCR을 이용한 GMO의 정성분석 실험 레포트 1. Introduction 1) PCR(원리, primer) PCR은 유전자를 증폭하는 방법으로 이미 알고 있는 일부의 염기서열 중 특정 DNA 부위를 반복 합성하여 원하는 DNA 분자를 증폭시키는 방법이다. 이 방법은 아주 적은 양의 DNA를 이용하여 많은 양의 DNA합성이 가능하다. PCR을 진행하기 위해서 총 2개의 primer가 필요하다. Primer란 leading strand에 결합하여 PCR의 시발점 역할을 하는 짧은 DNA 조각이다. Target DNA와 상보적으로 결합을 하여 DNA 합성이 시작된다. PCR은 보통 25~ 35 cycle로 실시하는데, 30 cycle의 경우 2의 30 제곱만큼의 DAN가 증폭하게 된다. PCR 과정은 총 3단계로 이루어진다. 첫번째로 double str.. 2022. 2. 6. 제한효소 및 DNA ligation 실험 레포트 1. Title 제한효소를 이용한 plasmid DNA의 절단 및 DNA ligation 2. Abstract 제한효소(restriction enzyme)는 DNA 분자내의 특정한 염기서열을 인식하고, 인식한 서열 내의, 또는 근처의 특정한 부위에서 double-stranded DNA를 절단하는 endonuclease이다. 제한효소를 이용하여 DNA를 절단하는 것은 DNA 재조합기술에서 가장 기본적인 과정 중의 하나이다. 이번 실험에서는 pKS plasmid와 pACYC184 plasmid를 제한효소 EcoR1과 Ssp1을 각각 처리하거나, EcoR1+Ssp1을 동시 처리하여 잘려진 단편의 크기와 개수를 비교하고 확인한다. 또한 ligase를 이용하여 insert DNA를 vector DNA에 삽입하는 .. 2022. 2. 6. Plasmid DNA isolation 실험 레포트 1. Abstract Plasmid DNA란 세포내에 염색체와는 독립적으로 존재하는 환상의 작은 DNA 분자이다. 세포에서 plasmid DNA를 가져오기 위해서는 chromosomal DNA와 분리를 해야 한다. 이때 주로 alkaline lysis method가 이용된다. 이 method는 세포벽을 파괴하는 solution 1과 chromosomal DNA 변성을 일으키는 solution 2, chromosomal DNA와 엉기게 되어 최종적으로 plasmid DNA를 분리되게 만드는 solution 3으로 이루어진다. 이후 centrifuge 된 용액에 phenol/chloroform을 통해 protein을 변성시키고 isopropyl alcohol과 75% EtOH로 washing 한다. 결과 확.. 2022. 2. 6. 이전 1 2 3 4 다음
