Bioinformatics/Troubleshooting2 002. [R] LoadH5Seurat: Error: Ambigious assay 🖥️ 코드 ### Convert from h5ad to Seurat ----library(Seurat)library(glue)library(SeuratDisk)dirdata 🤯 에러메세지 Error: Ambigious assay⭐ 해결방법 anndata와 seurat 구조 차이로 충돌이 생겨 이러한 에러가 뜨는 것이다. 1. anndata에서 obs, uns, var 등 불필요한 데이터는 삭제하고 h5ad로 저장한다.(count matrix 제외하고 모든 레이어와 메타데이터를 제거하는 게 가장 깔끔하나, reduction embedding이 필요하다면 obsm 은 남기는 것을 추천함)### Save from AnnData to h5adadata = adata_IE_APC.copy()adata.X = .. 2024. 9. 19. 001. [R] LoadH5Seurat: Error in sparseMatrix(i = x[["indices"]][] + 1, p = x[["indptr"]][], x = x[["data"]][], :'dims' must contain all (i,j) pairs single cell 분석 시 파이썬과 R에서 사용하는 object 형태가 다르다. seurat을 anndata로 변환하거나 또는 그 반대로 변환할 때 여러 에러가 종종 발생한다. 여러 패키지 중에 SeuratDisk를 자주 사용하는 편인데 다른 패키지를 추천하는 경우도 있긴 하다. 하지만 패키지를 변경하기 귀찮고... 에러가 뜰 때마다 에러메세지 검색하면서 해결하기 귀찮아서 정리하는 글이다.🖥️ 코드### Convert from h5ad to Seurat ----library(Seurat)library(glue)library(SeuratDisk)dirdata 🤯 에러메세지Validating h5Seurat fileInitializing RNA with dataError in sparseMatrix(.. 2024. 9. 19. 이전 1 다음