분류 전체보기46 [Go install] golang compiler 패키지 설치하기 목차 1️⃣ Go 소개2️⃣ Go로 패키지 설치하기1️⃣ Go 소개 Go 언어(줄여서 Go 또는 Golang)는 2007년 구글(Google)에서 개발된 오픈 소스 프로그래밍 언어이다. Go는 간결함, 효율성, 병렬 처리를 쉽게 구현할 수 있도록 설계된 언어로, 주로 서버 개발이나 클라우드 기반 애플리케이션에서 널리 사용된다고 한다. 아직 Go에 대해 완벽히 파악하지 못했다... 🧐 conda, docker로 패키지 설치하듯 Go를 이용해 패키지를 설치할 수 있다. 🧐 설치하고자 하는 패키지는 2024년 9월에 Genome Biology에 올라온 Enhlink이라는 툴이다.https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-024-03.. 2024. 10. 22. 002. [R] LoadH5Seurat: Error: Ambigious assay 🖥️ 코드 ### Convert from h5ad to Seurat ----library(Seurat)library(glue)library(SeuratDisk)dirdata 🤯 에러메세지 Error: Ambigious assay⭐ 해결방법 anndata와 seurat 구조 차이로 충돌이 생겨 이러한 에러가 뜨는 것이다. 1. anndata에서 obs, uns, var 등 불필요한 데이터는 삭제하고 h5ad로 저장한다.(count matrix 제외하고 모든 레이어와 메타데이터를 제거하는 게 가장 깔끔하나, reduction embedding이 필요하다면 obsm 은 남기는 것을 추천함)### Save from AnnData to h5adadata = adata_IE_APC.copy()adata.X = .. 2024. 9. 19. 001. [R] LoadH5Seurat: Error in sparseMatrix(i = x[["indices"]][] + 1, p = x[["indptr"]][], x = x[["data"]][], :'dims' must contain all (i,j) pairs single cell 분석 시 파이썬과 R에서 사용하는 object 형태가 다르다. seurat을 anndata로 변환하거나 또는 그 반대로 변환할 때 여러 에러가 종종 발생한다. 여러 패키지 중에 SeuratDisk를 자주 사용하는 편인데 다른 패키지를 추천하는 경우도 있긴 하다. 하지만 패키지를 변경하기 귀찮고... 에러가 뜰 때마다 에러메세지 검색하면서 해결하기 귀찮아서 정리하는 글이다.🖥️ 코드### Convert from h5ad to Seurat ----library(Seurat)library(glue)library(SeuratDisk)dirdata 🤯 에러메세지Validating h5Seurat fileInitializing RNA with dataError in sparseMatrix(.. 2024. 9. 19. 004. 파이썬 import error 해결: TypingError, np.arrange 파이썬에서 pertpy 패키지를 쓰려고 pip로 설치하고 import를 했는데 에러가 계속 뜸.chatgpt에게도 물어봤으나 파이썬, 패키지 버전 충돌이라며 처음에는 업데이트하라고만 알려줌.🤯에러메시지를 다시 살펴보니 문제는 매우매우매우매우 간단했음.결론요약🍟 np.arrange 옵션의 keyword arguments 삭제하기 🍟 에러 메세지에 나온 파일경로( ../../../.conda/envs/pertpy-AT/lib/python3.11/site-packages/decoupler/method_gsva.py)로따라 들어가 np.arrage의 start, stop, step을 삭제하니까 정상적으로 돌아감.# 기존의 코드rev_idx = np.abs(np.arange(start=n, stop=0, s.. 2024. 6. 18. 005.[conda] 환경 충돌 해결 및 환경 복사 패키지 설치하다가 버전 충돌로 꼬이기 시작하면 너무나도 골치가 아픔😖새로운 패키지를 설치하려고 할 때 버전 충돌이 두렵다면 꼭 패키지 정보를 저장 하자. (사실 그냥 필수..)pip/conda list로 conda 환경을 복사해두면 혹시라도 환경충돌했을 때 복구하기 수월해짐. conda에서 패키지 설치하기 전에 미리 하면 좋을 것들1. 지금까지의 패키지 버전 정보 저장하기pip list 저장 ➡️ 1) 또는 2) 중에 선택# 1) 버전명을 URL로 출력하기# 예시: numpy @ file:///home/conda/feedstock_root/build_artifacts/numpy_1691056235090/workpip freeze > requirements.txt# 2) 버전명으로 숫자로 출력하기# 예시.. 2024. 6. 17. 이전 1 2 3 4 ··· 10 다음
