분류 전체보기43 004. 파이썬 import error 해결: TypingError, np.arrange 파이썬에서 pertpy 패키지를 쓰려고 pip로 설치하고 import를 했는데 에러가 계속 뜸.chatgpt에게도 물어봤으나 파이썬, 패키지 버전 충돌이라며 처음에는 업데이트하라고만 알려줌.🤯에러메시지를 다시 살펴보니 문제는 매우매우매우매우 간단했음.결론요약🍟 np.arrange 옵션의 keyword arguments 삭제하기 🍟 에러 메세지에 나온 파일경로( ../../../.conda/envs/pertpy-AT/lib/python3.11/site-packages/decoupler/method_gsva.py)로따라 들어가 np.arrage의 start, stop, step을 삭제하니까 정상적으로 돌아감.# 기존의 코드rev_idx = np.abs(np.arange(start=n, stop=0, s.. 2024. 6. 18. 005.[conda] 환경 충돌 해결 및 환경 복사 패키지 설치하다가 버전 충돌로 꼬이기 시작하면 너무나도 골치가 아픔😖새로운 패키지를 설치하려고 할 때 버전 충돌이 두렵다면 꼭 패키지 정보를 저장 하자. (사실 그냥 필수..)pip/conda list로 conda 환경을 복사해두면 혹시라도 환경충돌했을 때 복구하기 수월해짐. conda에서 패키지 설치하기 전에 미리 하면 좋을 것들1. 지금까지의 패키지 버전 정보 저장하기pip list 저장 ➡️ 1) 또는 2) 중에 선택# 1) 버전명을 URL로 출력하기# 예시: numpy @ file:///home/conda/feedstock_root/build_artifacts/numpy_1691056235090/workpip freeze > requirements.txt# 2) 버전명으로 숫자로 출력하기# 예시.. 2024. 6. 17. 004.[vscode]R terminal 오류: cannot open file '/home/~/.vscode-server/extensions/reditorsupport.r-2.8.3/R/session/init.R': No such file or directory 에러 상황vscode를 열자마자 OUTPUT 창에서 아래와 같은 에러가 뜸.R Language Server (3016) startedLoading required package: httpgdError in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connectionCalls: local ... eval.parent -> eval -> eval -> eval -> eval -> source -> fileIn addition: Warning message:In file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open file '/home/hmgil/.vscode-server/extensions/re.. 2024. 5. 20. [논문공부] Single-cell transcriptomics reveal cellular diversity of aortic valve and the immunomodulation by PPARγ during hyperlipidemia (Nat Commun, 2022) Abstract Valvular inflammation triggered by hyperlipidemia has been considered as an important initial process of aortic valve disease; however, cellular and molecular evidence remains unclear. Here, we assess the relationship between plasma lipids and valvular inflammation, and identify association of low-density lipoprotein with increased valvular lipid and macrophage accumulation. Single-cell.. 2024. 5. 16. tabix Error [E::hts_idx_push] chromosome blocks not continuous 여러 ATAC 데이터를 합쳐서 가공하기 위해서는 fragments 파일을 merge 하는 과정이 필요함.이전 버전의 Signac 튜토리얼에서 fragments merge 방법에 대해 올려둔 것이 있어 따라 했는데,계속 tabix 단계에서 오류(chromosome blocks not continuous)가 발생함. 찾아보니까 파일 sorting이 제대로 되어 있지 않아서 그렇다고 함 문제의 코드# merge files (avoids having to re-sort)sort -m -k1,1 -k2,2n atac_fragments_MCA3M.tsv atac_fragments_MCA12W.tsv atac_fragments_MHA12W.tsv > atac_fragments.tsv# block gzip compre.. 2024. 5. 16. 이전 1 2 3 4 ··· 9 다음
