single cell4 002. [R] LoadH5Seurat: Error: Ambigious assay 🖥️ 코드 ### Convert from h5ad to Seurat ----library(Seurat)library(glue)library(SeuratDisk)dirdata 🤯 에러메세지 Error: Ambigious assay⭐ 해결방법 anndata와 seurat 구조 차이로 충돌이 생겨 이러한 에러가 뜨는 것이다. 1. anndata에서 obs, uns, var 등 불필요한 데이터는 삭제하고 h5ad로 저장한다.(count matrix 제외하고 모든 레이어와 메타데이터를 제거하는 게 가장 깔끔하나, reduction embedding이 필요하다면 obsm 은 남기는 것을 추천함)### Save from AnnData to h5adadata = adata_IE_APC.copy()adata.X = .. 2024. 9. 19. 001. [R] LoadH5Seurat: Error in sparseMatrix(i = x[["indices"]][] + 1, p = x[["indptr"]][], x = x[["data"]][], :'dims' must contain all (i,j) pairs single cell 분석 시 파이썬과 R에서 사용하는 object 형태가 다르다. seurat을 anndata로 변환하거나 또는 그 반대로 변환할 때 여러 에러가 종종 발생한다. 여러 패키지 중에 SeuratDisk를 자주 사용하는 편인데 다른 패키지를 추천하는 경우도 있긴 하다. 하지만 패키지를 변경하기 귀찮고... 에러가 뜰 때마다 에러메세지 검색하면서 해결하기 귀찮아서 정리하는 글이다.🖥️ 코드### Convert from h5ad to Seurat ----library(Seurat)library(glue)library(SeuratDisk)dirdata 🤯 에러메세지Validating h5Seurat fileInitializing RNA with dataError in sparseMatrix(.. 2024. 9. 19. [논문공부] Single-cell transcriptomics reveal cellular diversity of aortic valve and the immunomodulation by PPARγ during hyperlipidemia (Nat Commun, 2022) Abstract Valvular inflammation triggered by hyperlipidemia has been considered as an important initial process of aortic valve disease; however, cellular and molecular evidence remains unclear. Here, we assess the relationship between plasma lipids and valvular inflammation, and identify association of low-density lipoprotein with increased valvular lipid and macrophage accumulation. Single-cell.. 2024. 5. 16. [단일세포] scATAC-seq 10X cellranger-arc 원리 single cell multiome 10X library 및 cellranger-arc 원리에 대해 공부중이다. 추가로 공부하는 내용이 있다면 계속 추가할 예정이다. 1. 멀티옴 ATAC 라이브러리 구성 - P5, P7: Illumina amplification을 위한 서열 - 10X barcode: 세포를 구분하기 위한 cell barcode - Spacer: ATAC oligo barcode(바코드)로, transposed DNA fragments가 결합(attachment)할 수 있는 바코드 (길이 8bp) 2. ATAC matrix 가공 과정 multiome FASTQ를 가공하여 peak-barcode 매트릭스를 만들기 위해서는 cellranger-arc count 코드 한 줄만 입력하면 되지만.. 2024. 2. 20. 이전 1 다음
