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[Go install] golang compiler 패키지 설치하기
목차 1️⃣ Go 소개2️⃣ Go로 패키지 설치하기1️⃣ Go 소개 Go 언어(줄여서 Go 또는 Golang)는 2007년 구글(Google)에서 개발된 오픈 소스 프로그래밍 언어이다. Go는 간결함, 효율성, 병렬 처리를 쉽게 구현할 수 있도록 설계된 언어로, 주로 서버 개발이나 클라우드 기반 애플리케이션에서 널리 사용된다고 한다. 아직 Go에 대해 완벽히 파악하지 못했다... 🧐 conda, docker로 패키지 설치하듯 Go를 이용해 패키지를 설치할 수 있다. 🧐 설치하고자 하는 패키지는 2024년 9월에 Genome Biology에 올라온 Enhlink이라는 툴이다.https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-024-03..
2024.10.22
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002. [R] LoadH5Seurat: Error: Ambigious assay
🖥️ 코드 ### Convert from h5ad to Seurat ----library(Seurat)library(glue)library(SeuratDisk)dirdata 🤯 에러메세지 Error: Ambigious assay⭐ 해결방법 anndata와 seurat 구조 차이로 충돌이 생겨 이러한 에러가 뜨는 것이다. 1. anndata에서 obs, uns, var 등 불필요한 데이터는 삭제하고 h5ad로 저장한다.(count matrix 제외하고 모든 레이어와 메타데이터를 제거하는 게 가장 깔끔하나, reduction embedding이 필요하다면 obsm 은 남기는 것을 추천함)### Save from AnnData to h5adadata = adata_IE_APC.copy()adata.X = ..
2024.09.19
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001. [R] LoadH5Seurat: Error in sparseMatrix(i = x[["indices"]][] + 1, p = x[["indptr"]][], x = x[["data"]][], :'dims' must contain all (i,j) pairs
single cell 분석 시 파이썬과 R에서 사용하는 object 형태가 다르다. seurat을 anndata로 변환하거나 또는 그 반대로 변환할 때 여러 에러가 종종 발생한다. 여러 패키지 중에 SeuratDisk를 자주 사용하는 편인데 다른 패키지를 추천하는 경우도 있긴 하다. 하지만 패키지를 변경하기 귀찮고... 에러가 뜰 때마다 에러메세지 검색하면서 해결하기 귀찮아서 정리하는 글이다.🖥️ 코드### Convert from h5ad to Seurat ----library(Seurat)library(glue)library(SeuratDisk)dirdata 🤯 에러메세지Validating h5Seurat fileInitializing RNA with dataError in sparseMatrix(..
2024.09.19
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004. 파이썬 import error 해결: TypingError, np.arrange
파이썬에서 pertpy 패키지를 쓰려고 pip로 설치하고 import를 했는데 에러가 계속 뜸.chatgpt에게도 물어봤으나 파이썬, 패키지 버전 충돌이라며 처음에는 업데이트하라고만 알려줌.🤯에러메시지를 다시 살펴보니 문제는 매우매우매우매우 간단했음.결론요약🍟 np.arrange 옵션의 keyword arguments 삭제하기 🍟 에러 메세지에 나온 파일경로( ../../../.conda/envs/pertpy-AT/lib/python3.11/site-packages/decoupler/method_gsva.py)로따라 들어가 np.arrage의 start, stop, step을 삭제하니까 정상적으로 돌아감.# 기존의 코드rev_idx = np.abs(np.arange(start=n, stop=0, s..
2024.06.18
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005.[conda] 환경 충돌 해결 및 환경 복사
패키지 설치하다가 버전 충돌로 꼬이기 시작하면 너무나도 골치가 아픔😖새로운 패키지를 설치하려고 할 때 버전 충돌이 두렵다면 꼭 패키지 정보를 저장 하자. (사실 그냥 필수..)pip/conda list로 conda 환경을 복사해두면 혹시라도 환경충돌했을 때 복구하기 수월해짐. conda에서 패키지 설치하기 전에 미리 하면 좋을 것들1. 지금까지의 패키지 버전 정보 저장하기pip list 저장 ➡️ 1) 또는 2) 중에 선택# 1) 버전명을 URL로 출력하기# 예시: numpy @ file:///home/conda/feedstock_root/build_artifacts/numpy_1691056235090/workpip freeze > requirements.txt# 2) 버전명으로 숫자로 출력하기# 예시..
2024.06.17
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004.[vscode]R terminal 오류: cannot open file '/home/~/.vscode-server/extensions/reditorsupport.r-2.8.3/R/session/init.R': No such file or directory
에러 상황vscode를 열자마자 OUTPUT 창에서 아래와 같은 에러가 뜸.R Language Server (3016) startedLoading required package: httpgdError in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connectionCalls: local ... eval.parent -> eval -> eval -> eval -> eval -> source -> fileIn addition: Warning message:In file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open file '/home/hmgil/.vscode-server/extensions/re..
2024.05.20
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[논문공부] Single-cell transcriptomics reveal cellular diversity of aortic valve and the immunomodulation by PPARγ during hyperlipidemia (Nat Commun, 2022)
Abstract Valvular inflammation triggered by hyperlipidemia has been considered as an important initial process of aortic valve disease; however, cellular and molecular evidence remains unclear. Here, we assess the relationship between plasma lipids and valvular inflammation, and identify association of low-density lipoprotein with increased valvular lipid and macrophage accumulation. Single-cell..
2024.05.16
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tabix Error [E::hts_idx_push] chromosome blocks not continuous
여러 ATAC 데이터를 합쳐서 가공하기 위해서는 fragments 파일을 merge 하는 과정이 필요함.이전 버전의 Signac 튜토리얼에서 fragments merge 방법에 대해 올려둔 것이 있어 따라 했는데,계속 tabix 단계에서 오류(chromosome blocks not continuous)가 발생함. 찾아보니까 파일 sorting이 제대로 되어 있지 않아서 그렇다고 함 문제의 코드# merge files (avoids having to re-sort)sort -m -k1,1 -k2,2n atac_fragments_MCA3M.tsv atac_fragments_MCA12W.tsv atac_fragments_MHA12W.tsv > atac_fragments.tsv# block gzip compre..
2024.05.16
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003.[vscode]ssh 원격서버에 비밀번호 없이 접속하기
위의 사진과 같이 비밀번호를 입력하라는 창이 뜬다. 이게 계속 들어가기 굉장히 귀찮다. 해결방법은 매우 간단하다. vscode ssh 원격서버에 비밀번호 없이 접속하는 방법 1. PowerShell 또는 명령 프롬프트(cmd)에 접속한다. 2. ssh-keygen -t rsa -b 4096 입력한다. ① file 위치 및 passphrase 지정이 필요없다면 모두 Enter 버튼 누르면 된다. ② 파일이 저장된 경로가 출력된다. 이 경로를 찾아 들어가면 id_rsa, id_rsa.pub 파일이 생성된 것을 알 수 있다. 3. id_rsa는 로컬 컴퓨터에 저장될 키이고, 공개키로 사용될 id_rsa.pub 파일을 원격서버로 복사해준다. (저는 파일 이동을 위해 Xftp 사용했으나 다른 프로그램 등을 사용해..
2024.03.20
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002.[vscode]VSC 자동업데이트 끄기(비활성화)
VSCode 자동 업데이트 끄는 방법 vscode 버전과 원격 연결한 서버 버전이 안 맞는다고 warning이 계속 떠서 다운그레이드하면 자꾸만 혼자 업데이트가 되길래 강제로 vsc 업데이트를 막아버렸다. Ctrl + Shift + P ➡️ Preferences: Open User Settings 접속 후 update mode 검색해서 설정을 none 으로 변경
2024.02.23
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001.[remote ssh]VScode 서버에 원격 접속하기
목차 1. Remote 관련 extension 설치하기 2-1. (간단버전) 원격 서버 호스트와 연결하기 2-2. (디테일버전) 원격 서버 호스트와 연결하기 3. 원격 서버 접속하기 1. Remote 관련 extension 설치하기 우측 메뉴에 있는 extension(Win 단축키: Ctrl + Shift + X / Mac은 Ctrl 대신 Cmd)에서 Remote Development를 설치한다. 원격서버 연결에 필요한 여러 extension이 포함되어 있는 pack(팩)이다. 2-1. (간단버전) 원격 서버 호스트와 연결하기 step 1. Ctrl + Shift + P 를 누르면 상단에 검색창에 Remote-SSH 를 검색하고 Remote-SSH: Connect to Host... 를 클릭한다. ste..
2024.02.23
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[단일세포] scATAC-seq 10X cellranger-arc 원리
single cell multiome 10X library 및 cellranger-arc 원리에 대해 공부중이다. 추가로 공부하는 내용이 있다면 계속 추가할 예정이다. 1. 멀티옴 ATAC 라이브러리 구성 - P5, P7: Illumina amplification을 위한 서열 - 10X barcode: 세포를 구분하기 위한 cell barcode - Spacer: ATAC oligo barcode(바코드)로, transposed DNA fragments가 결합(attachment)할 수 있는 바코드 (길이 8bp) 2. ATAC matrix 가공 과정 multiome FASTQ를 가공하여 peak-barcode 매트릭스를 만들기 위해서는 cellranger-arc count 코드 한 줄만 입력하면 되지만..
2024.02.20
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002.[R] 패키지 설치, 실행, 삭제, unload 방법
목차 1. 패키지 설치 및 실행(load) 하기 2. 패키지(라이브러리) 삭제(remove)하기 3. 패키지(라이브러리) unload 하기 4. R studio에서 직접 패키지 실행, 삭제, unload 하기 1. 패키지 설치 및 실행(load) 하기 패키지를 설치하는 기본적인 코드는 아래와 같다. 해당 코드 외에도 패키지를 배포하는 사이트(github 등)에서 개발자가 제안하는 코드를 실행하면 된다. install.packages("패키지명") 패키지를 설치한 후, 패키지를 실행하기 위해서는 라이브러리로 불러와야 한다. 패키지를 실행하는 코드는 아래와 같다. library(패키지명) # 패키지 명에 따옴표로 묶지 않아도 된다. 2. 패키지(라이브러리) 삭제(remove)하기 패키지를 삭제하기 위해서는 ..
2024.01.03
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[PPT템플릿] 깔끔한 템플릿 무료 공유
깔끔한 피피티 템플릿 무료 공유 초록노랑 피피티 템플릿 공유 깔끔하게 디자인한 PPT 템플릿입니다. 노트에 물감을 칠한 듯한 느낌을 내고자 했습니다. 메인 색감은 초록, 노란색으로 눈이 편안하게 느낄 수 있게 했습니다. 학교나 회사 등 어디에서든 적용 가능할 것으로 생각됩니다. ✔ PPT ✔ ✔ 사용 글꼴 ✔ 1. 나눔스퀘어 (무료글꼴) 아래 사이트에서 [나눔글꼴]을 다운 받으면 됩니다. https://hangeul.naver.com/font 네이버 글꼴 모음 네이버가 만든 150여종의 글꼴을 한번에 만나보세요 hangeul.naver.com 2. 여기어때 잘난체 https://www.goodchoice.kr/font 여기어때 서체 출시! 매력만점 '잘난체'를 지금 다운받아 보세요! www.goodcho..
2022.09.08
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001.[R프로그래밍][ls, rm] R studio 변수 한 번에 삭제하기
R에서는 변수를 만들면 계속 저장이 되어 있는데, 지금까지 정의된 변수들을 R studio의 우측 상단에서 다음과 같이 확인할 수 있다. 'ls()'를 입력해서도 확인이 가능하다. ls( ) # 할당된 변수 확인하기 지금까지 만들어진 모든 변수를 한 번에 지우기 위해서는 'rm(list=ls())'를 사용하면 된다. 코드를 실행시키면 아래 사진과 같이 모든 변수가 지워진 것을 확인할 수 있다. rm(list = ls( )) #할당된 변수 모두 한 번에 삭제하기
2022.04.22
